Wraz z końcem XIX w. liczba ludności Warszawy zaczęła gwałtowanie wzrastać, a co za tym idzie, warszawskie cmentarze były przepełnione. Z inicjatywy prezydenta Warszawy generała lejtnanta Sokratesa Starynkiewicza w 1883 r. zakupiono od szpitala Świętego Ducha 65 hektarów gruntu we wsi Bródno. Już 20 listopada 1884 r. arcybiskup warszawski Tadeusz Chościak Popiel dokonał uroczystego poświęcenia Warszawskiego Rzymsko-katolickiego Cmentarza Grzebalnego im. Św. Wincentego a Paulo. Następnego dnia odbył się pierwszy pogrzeb - rocznej dziewczynki, Marii Skibniewskiej.

Dla upamiętnienia oddania cmentarza do użytku przy głównym wejściu umieszczono na kopcu krzyż z napisem łacińskim - Aleksandro tertio regnante. Napis ten po odzyskaniu niepodległości został usunięty, a na jego miejscu znajduje się obecnie grób ks. kardynała Aleksandra Kakowskiego.

Mieszkańcom lewej strony Warszawy cmentarz udostępniono 13 stycznia 1885 r. Chowano głównie osoby biedne, z przytułków, na koszt miasta. Całkowite otwarcie cmentarza dla wszystkich nastąpiło dopiero 14 czerwca 1887 r. Opłaty pobierane za pochówek były dość niskie, więc Cmentarz Bródnowski otrzymał status cmentarza dla ubogich, podczas gdy Stare Powązki były uważane za cmentarz dla zamożnych i elity.

W 1892 w związku z epidemią cholery wyznaczono specjalną kwaterę dla "zapowietrzonych". W roku 1916 powiększony został o 30 ha z gruntów majątku Bródno, a następnie 1921 r. o 16 ha z terenów dawnej prochowni ostatni raz teren cmentarza został powiększny w 1934 r. do obecnych rozmiarów ponad 114 hektarów. W części północno-wschodniej zlokalizowano specjalne kwatery dla bezwyznaniowców i zmarłych w innych obrządkach.

W 1924 r. wzniesiono pierwsze okazałe ogrodzenie cmentarza od południowego zachodu, rok później - północnego zachodu, a w 1926 r. - od południa. W taki sposób w 1927 r. powstało pełne ogrodzenie nekropolii, liczące 5 km. Obecnie znajduje się w nim osiem bram prowadzących na cmentarz.

Podczas wojny Cmentarz Bródzieński był arsenałem broni i amunicji przechowywanej w grobowcach przez organizacje konspiracyjne. Pełnił także rolę poligonu i miejsca ćwiczeń. Przez całe miesiące znajdowali tu schronienie ludzie poszukiwani przez gestapo.

W okresie międzywojennym Cmentarz Bródnowski przestał być cmentarzem dla ubogich. Pełną nobilitację przyniosły dopiero lata końcowe drugiej Rzeczypospolitej, kiedy to swój wieczny spoczynek znaleźli tam ksiądz kardynał Aleksander Kakowski, metropolita warszawski, który opiekował się biednymi, bezdomnymi i bezrobotnymi.

Jest tu wiele płyt i pomników nagrobnych, które nabrały już wartości historycznych, jak grobowiec Romana Dmowskiego czy muzyka Mieczysława Fogga (kwatera 10A-1), który żywił sentyment do tego cmentarza, kwestował tu do końca, mimo, że większość artystów wolała kwestować na rzecz Powązek. Spoczywają tu m. in. tak zasłużeni dla Kościoła jak wspomniany już ks. Aleksander Kardynał Kakowski, Biskup ks. Czesław Sokołowski, doc. ks. Eugeniusz Dąbrowski. Są tu groby ludzi nauki, sztuki, bojowników o wolność, pomordowanych za sprawy narodowe m.in.: powstańców z 1863 r., uczestników rewolucji 1905 r., tysięcy żołnierzy podziemia i osób cywilnych zamordowanych w okresie okupacji hitlerowskiej, poległych w czasie powstania 1944 r.

Komitet Opieki nad Cmentarzem Bródnowskim działał od 1981r. (w którym to roku zabytki cmentarza zostały objęte ochroną). W ciągu 15 lat, dzięki kwestom, udało się mu zebrać środki na renowację ok. 150 pomników. Kilka lat temu komitet przestał istnieć.